במחקרים שנעשו על ידי וייס 2001 ואון 2006 טוענים השניים כי לתזונה נודעת חשיבות עצומה באנשים וילדים הלוקים ב-IBD בכלל וב-CD בפרט. ניתן להעריך את המצב התזונתי ע"י רישום כלכלה, חישוב קלורי ובדיקה פיזיקלית הכוללת :
משקל, גובה ובדיקות מעבדה ספציפיות. יש להתייחס לעקומות הגובה והמשקל לאורך זמן ולא בבדיקה נקודתית. להערכה התזונתית חשיבות רבה בעיקר בקרב ילדים שבהם איתור מוקדם של חוסר תזונתי יכול למנוע הפרעה בגדילה.
לטיפול התזונתי שלושה דגשים: ראשית תיקון חוסרים תזונתיים ומניעת חזרתם בהמשך, שנית מתן כמות מספקת של קלוריות וחלבון כדי לאפשר ריפוי של הדלקת כאשר באופן כללי מומלצת דיאטה המספקת 1.5–2 גר' חלבון לק"ג משקל גוף ושלישית גדילה וחזרה לעקומות המשקל והגובה שלפני הופעת הCD .
בקרב ילדים לפני גיל ההתבגרות טיפול תזונתי נאות יעודד ואשפר התקדמות לכיוון התבגרות מינית תקינה. בילדים יש לעקוב אחר עקומות הגדילה ולראות שהם אינם שוברים עקומה.
באמצעים תזונתיים ניתן לטפל בחולים ולשפר את הדלקת במעיים. הטיפול התזונתי שונה במצב החריף של המחלה, במצבי הרגיעה, בחומרת המחלה ובאזורי המעיים המודלקים. בעיקרון תמיד עדיפה כלכלה דרך הפה אך במצבים מסוימים יש לתת מנוחה למעי הנגוע- חסימת מעיים , הצרויות ולהיעזר בהזנת על תוך ורידית (TPN).
כלכלה אנטרלית פרושה מתן מרכיבי מזון מפורקים , באופן שלם או חלקי , בצורת נוזל, דרך הפה או ישירות לקיבה ע"י זונדה. פורמולות אלמנטליות אלו הן פורמולות מפורקות לחומצות אמינו במקום חלבונים שלמים , גלוקוז וחומצות שומן.
ב-1984 הוצג לראשונה במחקר מבוקר, שדיאטה אלמנטלית (elemental diet) בחולי – CD הייתה שווה לסטרואידים מבחינת השפעתה האנטי-דלקתית. בהמשך נעשו מחקרים נוספים במבוגרים וילדים. הדיאטות שנבדקו כללו: Elemental (ח"א חופשיות), Semi-elemental (אוליגופפטידים = שרשרות חלבונים קצרות או בנוניות), ו-Polymeric (שרשרות חלבונים שלמות). דוגמאות לפורמולות שקיימות בארץ: אלמנטליות – Alitraq .
,L-Elemental סמי-אלמנטליות – Peptamen ,Peptamen Junior, פולימריות – Pediasure ,Ensure ,Nutren, Modulen. המנגנון שבו עובדת התזונה האנטראלית אינו ברור לגמרי, אך כנראה שהתזונה מפחיתה את הפעילות המטבולית של המעי, מונעת חשיפה לאנטיגנים מסוימים, גורמת לשינויים בפלורת המעי, מחזירה חסרים תזונתיים ומפחיתה את רמת הציטוקינים הפרו-דלקתיים במוקוזת המעי.
ישנן פורמולות ייעודיות ל-IBD כמו Modulen שהיא פורמולה פולימרית העשירה בגורם גדילה חלבוני (Transforming Growth Factor=TGF) מסוג β2 אשר מפחית את התהליך הדלקתי ומאיץ את תהליך הריפוי של מערכת העיכול. מתן פורמולות מועשרות בגלוטמין לחולי CD לא הראה הבדל בהשוואה לפורמולות לא מועשרות.
הזנה תוך-ורידית (TPN) הזנה תוך ורידית ניתנת במצבים חריפים כמו חסימת מעי , דימום , דלקת חריפה ולאחר כריתה חלקית כאשר לא ניתן להשתמש במעי להזנה. הזנה כזו מונעת התדרדרות במצב התזונתי ויכולה גם לשפרו . בטיפול ראשוני בCD ע"י הזנת על ניתן להשיג הפוגה בקרב אחרוז ניכר של הסובלים, אך בתווך הארוך הפוגה זו אינה נשמרת בכולם. נדיר שיש צורך בהזנה תוך-ורידית. הזנה אנטראלית עדיפה תמיד, עם פחות סיבוכים ותוצאות טובות יותר.
חסרים תזונתיים בבדיקות מעבדה, יש לעקוב אחרי ברזל ופריטין, אלבומין, סידן וזרחן, מגנזיום (בעיקר המטופלים בציקלוספורין). ויטמינים: D, B12, E, A, חומצה פולית. כמו כן יסודות קורט כמו אבץ וסליניום.
חסר אבץ יכול להתבטא מבחינה קלינית ב-acrodermititis enteropathica. חסר של סליניום יכול להתבטא קלינית במיאלגיה, הפופגמנטציה של העור והשיער וקרדיומפטיה. בבדיקות מעבדה אפשר למצוא עלייה בטרנסאמינזות וב-CPK וכן מאקרוציטוזיס של התאים האדומים.
חומצות שומן מסוג אומגה: חומצות שומן רב בלתי רוויות אלו עוזרות בהפחתה של התגובה הדלקתית במעי. הן מקטינות כנראה את ייצור הלויקוטריאן LTB4 שמקורו בחומצות שומן מסוג אומגה 6. יש דיווחים על שמירה של ההפוגה ב-CD על ידי שימוש בתכשירים אלו.
פרוביוטיקה: תכשירים פרוביוטים המכילים לקטובצילוס וביפידו-בקטריום עוזרים בשמירה על הפלורה התקינה של המעיים.