זכויות נכי צה"ל מאוגדות בתוך הוראות אגף השיקום. הוראות אגף השיקום הם ספר בו מפורטות כל הזכויות וההטבות של נכי צה"ל. לכל הטבה או זכאות של נכה צה"ל קיימת הוראת אגף השיקום - מסמך משפטי שמפרט מהי אותה זכאות, מי מנכי צה"ל זכאי לקבל את הזכאות, איך ניתן לערער על החלטה של קצין תגמולים וכד'.
כיום, שינוי הוראות אגף השיקום נעשה על ידי ראש אגף השיקום המכהן ולכן בשנים האחרונות נעשה מאמץ להעביר את הוראות אגף השיקום בחקיקה בכנסת - תחת תזכיר חוק הנכים. לאחר חקיקה בכנסת שינוי הוראות האגף יהיה בסמכות חברי הכנסת.
בקטגוריה הוראות אגף השיקום, תמצאו את הוראות אגף השיקום מחולקות על פי הנושאים הבאים: הוראות כלליות, תגמולים ומענקים, טיפול רפואי, שיקום כלכלי ודיור, הכשרה מקצועית, הטבות, תגמול מיוחד, חוזרי אגף השיקום ועוד.