ארגון נכי צה"ל מחולק לחמישה מחוזות (תל אביב, ירושלים, שפלה, באר שבע, חיפה). בכל מחוז יש מועצה של נכי צה"ל - חבריה נבחרים אחת לחמש שנים על ידי נכי צה"ל השייכים למחוז. חברי המועצה בוחרים את יושב ראש המחוז שמוגבל לכהן עד לשתי קדנציות (כלומר: 10 שנים).
המחוז אחראי לכל הפעילות של החברים: ארגון אירועים, טיולים משותפים, כנסים, חלוקת מלגות, מתן הלוואות, יציאה למשלחות, כמו גם, טיפול אישי בנכה צה"ל שגרים בשטח הגאוגרפי של המחוז וייצוגו מול מחוז השיקום (לשכת השיקום שמטפלת בו).
בקטגוריה מחוזות הארגון תמצאו מידע על חמשת מחוזות ארגון נכי צה"ל, שלוחות המחוזות, אירועי המחוז, דרכי הגעה, שעות פעילות, יצירת קשר ועוד.