הוראות אגף השיקום מחולקות לנושאים. מתחת לכל נושא מופיעות הוראות משרד הביטחון הקשורות אליו. בקטגוריה הוראות כלליות מופיעות כל הוראות אגף השיקום הקשורות לפעולות משרדיות וזכאויות הקשורות לבירוקרטיה והתנהלות של נכה צה"ל מול אגף השיקום כדוגמת : זכאות לתעודת נכה צה"ל, תשלומים, קרנות, מחקרים וכד'.